医院总共有10栋大楼，分别为1号楼、2号楼、3号楼、5号楼、6号楼、7号楼、8号楼、9号楼、10号楼、11号楼，下面将详细介绍各栋楼的楼层分布及主要科室的位置分布。
一、1号楼
1号楼为急诊外科楼，靠近五四路口，西邻2号楼门诊楼，北邻5号楼急救中心大楼。
1号楼楼层索引：
1F：PET-CT、犬伤处置门诊、急诊五官科
2F：急诊输液厅、急诊化验室、急诊超声室、急诊注射室、急诊静脉药物配置室
3F：34区急诊观察室、急诊医学示教室
4F：31区重症医学一科
5F：32区急诊外科
6F：33区急诊内科、急诊医学培训室、福建省急诊医学研究所实验室、福建省急救中心中毒实验室、福建省住院医师规范化培训急诊基地
7F：第三手术室、麻醉三科
8F：35区日间病房
9F：疼痛科治疗室
10F：54区血管与肿瘤介入科、疼痛科住院部
11F：福建省心血管病重点实验室、司法鉴定所
12F：福建省急救中心办公室、福建省急诊医学研究所
13F：指挥调度中心
二、2号楼
2号楼为门诊楼，位于东街路口段，东邻1号楼，一楼大厅走廊可通往3号楼住院楼一楼大厅。
2号楼门诊楼楼层索引：
-1F：感染性疾病门诊（肠道，肝炎）
1F：门诊部办公室、医保办公室、预防保健科办公室、咨询台、简易门诊、护理专科门诊、2号楼磁共振、高压氧舱
2F：妇产科、儿内科、注册室、PICC门诊、雾化室
3F：大内科门诊、部分医技检查室（肺功能室、脑电图室、肌电图室、呼吸内镜室、心电诊断科）、收费处
4F：皮肤科、中医科、麻醉科、消化内科、全科医学科、大外科门诊、部分医技检查室（伤口造口专科、换药室、消化功能检查室）
5F：耳鼻喉科、口腔科、部分医技检查室（电子喉镜室，鼻内镜室，听力检查室）、收费处
6F：康复科、眼科、疼痛科、屈光手术室
7F：消化内镜中心、收费处
8F：健康体检中心、特需专家门诊、社区医疗服务部、收费处
三、3号楼
3号楼为住院楼，与2号楼门诊楼相邻。
3号楼楼层索引：
1F：放射科、三号楼磁共振、超声科、中西药房、收费处、医院服务中心
2F：检验科、介入导管室、核医学科、碎石室、血液净化科
3F：第一手术室、麻醉一科、重症医学三科
4F：架空层
5F-20F：住院部病区
1F检查科室
1F中西药房
1F收费处
2F抽血室
四、5号楼
5号楼为急救中心，靠近五四路口，南邻1号楼。
5号楼楼层索引：
1F：抢救室、收费处、急诊内科、急诊儿科、急诊外科、急诊神经外科、急诊药房
M层：急诊化验室、急诊输液厅、院前急救部、专家门诊
2F：急诊CT、急诊X光、急诊胸透、急诊B超
3F：PCR实验室、微生物室
4F：信息管理中心
5F：会议室、远程会诊
1F收费处
1F急诊药房
五、6号楼
6号楼为住院部、福建省心血管大楼，北邻8号楼住院中心楼。
6号楼楼层索引：
-1F-3F：停车场
1F：心脏彩超、CT扫描、6号楼磁共振、中心药房
2F：DAS、手术室、教学室
3F：重症医学四科、第二手术室、麻醉二科
4F：设备层
5F：37区心外一科
6F：38区心外二科
7F：39区心内一科
8F：40区心内二科、房颤中心
9F：41区心内三科
10F：42区小儿外科
11F：43区儿科
12F：44区胸外科
13F：45区胸外科、肿瘤内科
14F：46区肿瘤内科
15F：47区中医科
16F：48区干部特诊二科
17F：48区干部特诊二科
18F：49区干部特诊二科
19F：49区干部特诊二科
1F心脏彩超、CT、磁共振
六、7号楼
7号楼为住院部，北邻9号楼。
7号楼楼层索引：
1F：营养室
2F：50区风湿免疫科
3F：51区肾内科、腹膜透析门诊、50区风湿免疫科
4F：51区肾内科
5F：52区内分泌科
6F：52区内分泌科
七、8号楼
8号楼为住院楼，医院5号门。
8号楼楼层索引：
1F：干部门诊
2F：康复二科、干部门诊（睡眠呼吸监测室、心理咨询室）、福建省临床老年病研究所实验室
3F：53区呼吸与危重医学科（1-36床）
4F：53区呼吸与危重医学科（37-69）、睡眠医学中心
5F：53区呼吸与危重医学科（70-79）
6F：国际学术厅
八、9号楼
9号楼为综合楼，位于院内西北方向，医院5号门，南邻7号楼。
9号楼楼层索引：
1F：宁养院、静脉药物调配中心
2F：静脉药物调配中心（入口）、布库
3F：总务部、基建办、设备处（行政库房）
4F：设备处、药学部实验室、中西药分子生物实验室
5F：药学部、临床药学室、不良反应监测室
6F：病案室
九、10号楼
10号楼为感染性门诊楼，医院西南方向。
10号楼楼层索引：
1F：发热门诊、56区感染性疾病科
2F：56区感染性疾病科
3F：56区
十、11号楼
11号楼为行政楼，位于院内东北方向，东邻8号楼，医院6号门。
11号楼楼层索引：
1F：干部保健办公室临床营养科
